（1）琼脂的制备
把琼脂与水放在一起，琼脂浓度为5%，然后用微波炉反复加热几次，使得琼脂溶解，并把其中的气泡赶出来，在加热期间，可以用磁力搅拌器进行搅拌，但时间不能过长，会产生气泡。等到胶体冷却时，要封住瓶口，以免表面胶体先凝固。
（2）组织包埋
把硬皮纸折叠成包埋盒，注意表面要光滑，然后对组织进行修理。使用琼脂胶时要戴好手套，以免对其造成污染。先在包埋盒里倒入一些琼脂，然后放入组织，注意放置的位置方向要正确，再倒入琼脂，要把组织整个包起来。等到琼脂冷却凝固后，修理组织块，注意修理下来的琼脂不能丢弃，要回收。
（3）安卸部件
使用相关工具对部件进行安装和拆卸，工具与螺丝口要垂直，并且要松紧适当。
（4）刀片的安装
调整好刀片的倾斜度，并对刀片进行清理，要清理干净，可以使用酒精进行擦拭，然后进行安装。
（5）组织块黏着
把组织块固定在托盘上前，可以使用胶水，把它均匀涂抹在托盘上，但不宜过多，这样可以使组织固定在托盘上。
（6）切片
调制好切片的前后幅度，速度为大约15秒切一片，切片振幅大约10左右。振幅越大，速度越慢越好。切下来的切片应收集在孔板里，进行储存。
（7）收拾整理
清掉托板上的组织和琼脂胶，然后把切片槽、刀片固定托等部件用纯水清洗干净，然后再擦拭干净，关闭切片机，注意废弃的刀片要（8）琼脂胶的储存
暂时不用时，在温度为4度中进行储存；如果要长时间不用，则应定期进行加热，以免被传染，四到五天加热1次。
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